Hlavní obsah monumentálního Pantheonu tvoří velký soubor podobizen zasloužilých vědců, literátů, hudebníků, výtvarných umělců a architektů. Původní návrh byl předmětem mnohých diskusí a výsledná podoba podléhala úpravám, vyjímání a doplňování podle proměnlivých hledisek, jež přinášely historické výkyvy zdejších politických poměrů. Ze zbylých velkých portrétních soch patří do původního souboru tři, z nichž dvě jsou díly hojně zaměstnaného Antonína Poppa: Jan Amos Komenský a František Palacký z roku 1897. František Palacký byl v letech 1841 - 1852 jednatelem muzejní společnosti a učinil z této instituce jedno z hlavních středisek podporujících národní uvědomění.